NROS má v současné době 3 hlavní priority, které uskutečňuje v rámci svých programů:

1. Rozvoj občanské společnosti a neziskového sektoru

Rozvoj občanské společnosti a neziskového sektoru je základní prioritou nadace a je tradičně podporován zejména z prostředků EU. Tyto prostředky slouží v rámci běžících programů k podpoře projektů zaměřených na zlepšování informačních služeb a vzdělávání v oblasti neziskových organizací, zvyšování efektivity činností NNO na ochranu spotřebitelů, posilování NNO monitorujících a prosazujících zájmy občanů  či projektů zaměřených na implementaci antidiskriminačního zákona. V rámci globálního grantu jsou protřednictvím NROS podporovány projekty financované z Evropského sociálního fondu a státního rozpočtu ČR, které se zaměřují na sociální oblast. Významným prostředkem pro realizaci projektu rozvoje dárcovství a dobrovolnictví na regionální úrovni je dar bratrů Čerychových - vila v České Skalici, která se stala místem pro setkávání a vzdělávání v oblasti neziskového sektoru a rozvoje evropské spolupráce.

2. Oblast lidských práv a romské integrace

Program ochrany lidských práv a romské integrace byl významnou měrou podporován EU z programu Phare. Nadace navíc uspěla v obou kolech výběrového řízení na získání příspěvku do nadačního jmění z Nadačního investičního fondu, z jehož výnosů každoročně podporuje projekty zaměřené na ochranu lidských práv. Tato oblast se tak stala trvalou součástí nadačních programů.

3. Programy pro děti a mládež

NROS se stává stále významnějším aktérem v oblasti široké podpory programů pro děti a mládež, pro které získává prostředky z místních i zahraničních zdrojů. Program "Pomozte dětem!" je dnes nejznámější a nejdůvěryhodnější českou sbírkou, jež každoročně poskytuje prostředky pro desítky neziskových organizací v celé republice, které se starají o ohrožené a znevýhodněné děti. Díky finanční podpoře Nadace Roberta Bosche realizuje NROS mezinárodní program klub-net, který podporuje vybudování klubů při škole jako míst pro smysluplné trávení volného času mladých lidí. Program Make a Connection (společná iniciativa nadace International Youth Foundation a společnosti Nokia) pomáhá podpořit pozitivní rozvoj mladých lidí a nabízí jim možnost získávat nové životní zkušenosti, znalosti a dovednosti. Partnerství v mezinárodní síti International Youth Foundation vytváří NROS dobré podmínky pro růst profesionality a rozšiřuje tak možnost získávat zahraniční zkušenosti a zdroje pro další programy v této oblasti.